آموزش نصب نرم افزار VMD در اوبونتو

نرم افزار VMD، همانطور که پیشتر در نوشته آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) بیان گردید، یکی از ابزارهای گرافیکی برای نمایش ساختارهای مولکولی است که برای کلیه سیستم عامل ها در دسترس است. باید توجه داشت که توسعه دهندگان VMD آن را برای مصارف آکادمیک، شخصی و غیر تجاری به صورت رایگان منتشر نموده اند اما برای مصارف تجاری، نیازمند تهیه لایسنس این محصول هستید. در این نوشته با روش نصب نرم افزار VMD در اوبونتو آشنا خواهیم شد. البته فرآیند نصب در سایر سیستم عامل های مبتنی بر کرنل لینوکس نیز مشابه می باشد.

نمونه خروجی VMD

دانستنی های قبل از نصب VMD

در جدیدترین نسخه نرم افزار VMD که در زمان نوشتار این مطلب نسخه ۱.۹.۳ می باشد، اغلب سیستم عامل های شناخته شده توسط این نرم افزار پشتیبانی می شوند و می توانید متناسب با نوع سیستم عامل و سخت افزار خود، نسخه مناسب نرم افزار VMD را دانلود کنید.

جهت دانلود آخرین نسخه از نرم افزار VMD برای محیط های ویندوز، مک و لینوکس می توانید به آدرس زیر مراجعه کنید:

دانلود آخرین نسخه نرم افزار VMD

فرآیند نصب نرم افزار VMD در اوبونتو

پس از دانلود فایل فشرده tar.gz از آدرسی که بالاتر معرفی گردید، می بایست آن را توسط دستور زیر از حالت فشرده خارج کنید:

پس از این کار، ابتدا وارد پوشه حاصل شده و سپس با دستور زیر، makefile موردنیاز برای نصب نرم افزار را تولید کنید:

پس از این مرحله، به آخرین مرحله از نصب نرم افزار VMD می رسیم که با تایپ و اجرای دستورات زیر، عملی می شود:

توجه داشته باشید که در حین نصب نرم افزار از شما سوالاتی پرسیده خواهد شد که می بایست متناسب با سخت افزار و نیاز خود به آنها پاسخ دهید اما اگر اطلاعاتی در این خصوص ندارید می توانید از پیشفرض های نصب نرم افزار استفاده کرد و بدون مشکل آن را اجرا نمایید. هم اکنون می توانید به سادگی با تایپ دستور vmd در ترمینال لینوکس، اقدام به اجرای نرم افزار نمایید.

پلاگین VMD برای گرومکس

در آخرین نسخه از نرم افزار VMD پلاگین جدیدی تحت نام TopoGromacs منتشر شده است که قابلیت تبدیل فایل های توپولوژی CHARMM به Gromacs را دارد و به سادگی می توانید فایل های توپولوژی بسته نرم افزاری CHARMM را به فرمت مناسب برای نرم افزار گرومکس تبدیل کنید.

نکات مهم پس از نصب VMD در اوبونتو

در صورتی که پس از اجرای نرم افزار VMD در محیط اوبونتو مشاهده کردید که پنجره نرم افزار به صورت موقت ظاهر شده و خود به خود بسته می شود، ممکن است دو علت داشته باشد: مشکل با کارت گرافیک سیستم یا مشکل با کتابخانه ++C. جهت رفع این مشکل می توانید ابتدا با تایپ دستور زیر در ترمینال، متوجه شوید که کدام یک از علل مزبور عامل اخلال در اجرای نرم افزار هستند:

در این حالت اگر نرم افزار اجرا نشد، مشکل با کتابخانه ++C است که در خروجی این دستور به شما مشکلات و نواقص کتابخانه ای کامپایلر را نمایش می دهد. چنانچه پس از اجرای دستور فوق، نرم افزار در حالت نوشتاری اجرا شد اما محیط گرافیکی نمایش داده نشد، بیانگر وجود مشکل با کارت گرافیک سیستم است.

برای رفع مشکل کارت گرافیک در اجرای نرم افزار VMD، ابتدا دستور زیر را در ترمینال تایپ کنید تا OpenGL فهرستی از کلیه سخت افزارها، نرم افزارها و مدهای ویدیویی پشتیبانی شده را برای شما ایجاد کند:

خروجی این دستور، چنانچه مشکل جدی با نصب OpenGL در سیستم شما وجود داشته باشد، حاوی خطاها و هشدارهایی است که تا آنها رفع نشوند، نه تنها VMD بلکه هیچ نرم افزار گرافیکی دیگری نیز به خوبی بر روی سیستم شما اجرا نخواهد شد.

البته گاهی اوقات باگ های جزیی در برخی نسخه های نصب شده OpenGL وجود دارد که با قابلیت دیباگ (رفع اشکال) درونی نرم افزار VMD قابل رفع هستند. برای اجرای فرآیند دیباگ VMD می توانید از دستور زیر بهره مند شوید:

پس از اجرای دستور دیباگ، در خط دستور دیباگ کلمه run را تایپ کنید تا نرم افزار VMD در حالت دیباگ برای شما اجرا شود. به محض آن که نرم افزار با خطایی مواجه شود می توانید با تایپ دستور where در محیط دیباگ ترمینال، علت خطا را متوجه شوید.

برچسب ها: ، ، ، ،

ارسال دیدگاه:

آدرس ایمیل شما نمایش داده نمی شود.