شبیه سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب

در نخستین آموزش تخصصی نرم افزار گرومکس به چگونگی و شرح دستورات لازم جهت اجرای یک شبیه سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب می پردازم. پروتئینی که در این آموزش مورد استفاده قرار گرفته است، لیزوزیم سفیده تخم مرغ است که با شناسه ۱AKI در بانک اطلاعات پروتئین (PDB) در معرض استفاده عموم قرار دارد. در این آموزش رفتار لیزوزیم ۱AKI را در یک محیط آبی شبیه سازی می کنیم. شاید نوع شبیه سازی و مولکول به کار گرفته شده برای شما ساده به نظر آید ولی از آنجا که هدف این آموزش، بیان جزییات در سطح ابتدایی است، نخستین آموزش گرومکس را بر اساس این مولکول انتخاب کردم.

لیزوزیم سفیده تخم مرغ

ادامه مطلب

آموزش نصب نرم افزار VMD در اوبونتو

نرم افزار VMD، همانطور که پیشتر در نوشته آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) بیان گردید، یکی از ابزارهای گرافیکی برای نمایش ساختارهای مولکولی است که برای کلیه سیستم عامل ها در دسترس است. باید توجه داشت که توسعه دهندگان VMD آن را برای مصارف آکادمیک، شخصی و غیر تجاری به صورت رایگان منتشر نموده اند اما برای مصارف تجاری، نیازمند تهیه لایسنس این محصول هستید. در این نوشته با روش نصب نرم افزار VMD در اوبونتو آشنا خواهیم شد. البته فرآیند نصب در سایر سیستم عامل های مبتنی بر کرنل لینوکس نیز مشابه می باشد.

نمونه خروجی VMD

ادامه مطلب

دانلود کتاب دینامیک پروتئین ها

نام کتاب: دینامیک پروتئین ها؛ روش ها و پروتکل ها

نام انگلیسی: Protein Dynamics; Methods and Protocols

نام نویسنده (ها): Dennis R. Livesay

سال انتشار: ۲۰۱۴ میلادی

انتشارات: Springer

تعداد صفحات: ۲۸۵ صفحه

قیمت: ۸۹ یورو

ادامه مطلب

آموزش نصب نرم افزار کایمرا در اوبونتو

نرم افزار کایمرا، همانطور که پیشتر در نوشته آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) بیان گردید، یکی از ابزارهای گرافیکی برای نمایش ساختارهای مولکولی است که به صورت رایگان برای کلیه سیستم عامل ها در دسترس است. در این نوشته با روش نصب نرم افزار کایمرا در اوبونتو آشنا خواهیم شد. البته فرآیند نصب در سایر سیستم عامل های مبتنی بر کرنل لینوکس نیز مشابه می باشد.

نمایش ساختار در کایمرا

ادامه مطلب

آشنایی با ساختار فایل pdb

همانطور که در نوشته قبل با عنوان آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) وعده داده بودم، در این نوشته پیرامون ساختار فایل pdb که فایل خام ورودی برای محاسبات شبیه سازی دینامیک مولکولی توسط نرم افزار گرومکس است آشنا می شویم.

کلیات ساختار فایل pdb

اگرچه علاوه بر فرمت pdb که متداولترین فرمت خروجی از بانک داده پروتئین است، دو فرمت mmcif و pdbml نیز قابل استخراج از این پایگاهند اما همچنان فرمت pdb پر کاربردترین فرمت این بانک اطلاعاتی به شمار می رود. به عنوان مثال، یک فایل pdb مربوط به پروتئین دارای یک بخش فوقانی مفصل شامل نام پروتئین، خانواده پروتئین، کد EC، نام گونه جاندار مورد استفاده، نوع سلول مورد استفاده، روش آزمایشگاهی استخراج داده، محققین مشارکت کننده در استخراج داده، تاریخ استخراج داده و ... است. همچنین اطلاعات تفصیلی دیگری شامل جزییات محاسباتی و آماری استخراج داده ها نیز لیست شده اند.

ادامه مطلب

آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB)

یکی از متداولترین شبیه سازی های کامپیوتری که توسط نرم افزار گرومکس انجام می گیرد، شبیه سازی رفتار ساختارهای پروتئینی است. از آنجا که بخشی از اطلاعات ورودی به نرم افزار گرومکس شامل ساختار فضایی مولکول (فاصله، موقعیت نسبی و زوایای اتم ها نسبت به یکدیگر) می باشد، لذا یکی از فایل های ورودی نرم افزار، فایل ساختار پروتئین است که اصطلاحاً فایل pdb نامیده می شود. به همین منظور لازم است آشنایی مختصری با بانک داده پروتئین یا PDB داشته باشیم.

ادامه مطلب

آموزش نصب گرومکس نسخه ۵.۱.۴

آخرین نسخه پایدار از سری ۵ نرم افزار گرومکس که در تاریخ ۸ سپتامبر ۲۰۱۶ منتشر گردیده است، نسخه ۵.۱.۴ می باشد که به منظور نصب گرومکس نسخه ۵.۱.۴ می بایست تعدادی مرحله را طی کنید اما پیش از آن توصیه می کنم که مطالب زیر را مطالعه کنید.

پلتفرم

گرومکس نسخه ۵.۱.۴ را می توان بر روی گستره وسیعی از سیستم عامل ها و معماری های پردازنده نصب نمود. این طیف وسیع سیستم عامل شامل انواع توزیع های لینوکس، مک OS X و ویندوز می باشد. همچنین انواع معماری های پردازنده x86 ، AMD64/x86-64 ، PPC ، ARM v7 و SPARC VIII نیز قابلیت پشتیبانی سخت افزاری گرومکس را دارند.

ادامه مطلب