گرومکس

گرومکس (GROMACS) یک مجموعه دینامیک مولکولی است که عمدتاً برای شبیه‌سازی پروتئین‌ها، چربی‌ها و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است. گرومکس ابتدا در سال ۱۹۹۱ توسط گروه شیمی فیزیک دانشگاه گرونینگن هلند پایه‌گذاری شد و در حال حاضر توسط دانشمندان در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی سراسر جهان در حال توسعه است. گرومکس یکی از سریع‌ترین و محبوب‌ترین بسته‌های نرم‌افزاری موجود در عرصه دینامیک مولکولی می‌باشد.

اخبار و آموزش‌های مربوط به این نرم‌افزار در این قسمت فهرست شده اند.

دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب

شبیه سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب

در نخستین آموزش تخصصی نرم‌افزار گرومکس به چگونگی و شرح دستورات لازم جهت اجرای یک شبیه‌سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب می‌پردازم. پروتئینی که در این آموزش مورد استفاده قرار گرفته است، لیزوزیم سفیده تخم‌مرغ است که با شناسه ۱AKI در بانک اطلاعات پروتئین (PDB) در معرض استفاده عموم قرار دارد....

نصب نرم‌افزار VMD

آموزش نصب نرم‌افزار VMD در اوبونتو

نرم‌افزار VMD، همانطور که پیشتر در نوشته آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) بیان گردید، یکی از ابزارهای گرافیکی برای نمایش ساختارهای مولکولی است که برای کلیه سیستم عامل‌ها در دسترس است. باید توجه داشت که توسعه‌دهندگان VMD آن را برای مصارف آکادمیک، شخصی و غیر تجاری به صورت رایگان منتشر...

آموزش نصب نرم افزار کایمرا در اوبونتو

آموزش نصب نرم افزار کایمرا در اوبونتو

نرم افزار کایمرا، همانطور که پیشتر در نوشته آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) بیان گردید، یکی از ابزارهای گرافیکی برای نمایش ساختارهای مولکولی است که به صورت رایگان برای کلیه سیستم عامل ها در دسترس است. در این نوشته با روش نصب نرم افزار کایمرا در اوبونتو آشنا خواهیم شد. البته...

ساختار فایل pdb

آشنایی با ساختار فایل pdb

همانطور که در نوشته قبل با عنوان آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB) وعده داده بودم، در این نوشته پیرامون ساختار فایل pdb که فایل خام ورودی برای محاسبات شبیه سازی دینامیک مولکولی توسط نرم افزار گرومکس است آشنا می شویم. کلیات ساختار فایل pdb اگرچه علاوه بر فرمت pdb که...

بانک داده پروتئین

آشنایی با بانک داده پروتئین (PDB)

یکی از متداولترین شبیه سازی های کامپیوتری که توسط نرم افزار گرومکس انجام می گیرد، شبیه سازی رفتار ساختارهای پروتئینی است. از آنجا که بخشی از اطلاعات ورودی به نرم افزار گرومکس شامل ساختار فضایی مولکول (فاصله، موقعیت نسبی و زوایای اتم ها نسبت به یکدیگر) می باشد، لذا یکی...

نصب گرومکس

آموزش نصب گرومکس نسخه ۵.۱.۴

آخرین نسخه پایدار از سری ۵ نرم‌افزار گرومکس که در تاریخ ۸ سپتامبر ۲۰۱۶ منتشر گردیده است، نسخه ۵.۱.۴ می‌باشد. به منظور نصب گرومکس نسخه ۵.۱.۴ می‌بایست تعدادی مرحله را طی کنید اما پیش از آن توصیه می‌کنم که نوشته زیر را مطالعه کنید. پلتفرم نصب گرومکس گرومکس نسخه ۵.۱.۴...

آموزش انتقال فایل توسط sFTP

آموزش انتقال فایل توسط sFTP

طی دو آموزش قبلی، ابتدا با ضرورت و چگونگی راه اندازی یک سرور SSH بر روی سرور یا کامپیوتر محاسباتی آشنا شدیم و سپس به نحوه اتصال راه دور به یک سیستم توسط پروتکل SSH پرداختم. یکی از نقایص اتصال SSH به سیستم دیگر آن است که شما نمی توانید...

صفحه 1 از مجموع 3 123