مقالات ISI در زمینه کاربرد گرومکس

گرومکس (GROMACS) یا ماشین گرونینگن برای شبیه‌سازی‌های شیمیایی، یک مجموعه دینامیک مولکولی است که عمدتاً برای شبیه‌سازی پروتئین‌ها، چربی‌ها و اسیدهای نوکلئیک طراحی شده است. این نرم‌افزار ابتدا در سال ۱۹۹۱ توسط گروه شیمی فیزیک دانشگاه گرونینگن هلند پایه‌گذاری شد و در حال حاضر توسط دانشمندان در دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی سراسر جهان در حال توسعه است. گرومکس یکی از سریع‌ترین و محبوب‌ترین بسته‌های نرم‌افزاری موجود است. این نرم‌افزار می‌تواند روی واحد پردازش مرکزی (CPU) و واحد پردازش گرافیکی (GPU) اجرا شود. گرومکس یک نرم‌افزار متن باز رایگان است که ابتدا تحت مجوز عمومی همگانی گنو (GPL) منتشر شد. سپس از نسخه ۴٫۶ تحت مجوز کمتر فراگیر همگانی گنو (LGPL) انتشار یافت.

گرومکسامروزه پس از گذشت ۲۷ سال از انتشار اولین نسخه نرم‌افزار، آخرین نسخه آن ۲۰۱۸/۲ است. گرچه نسخه‌های دیگری مانند ۲۰۱۶/۵ و نیز ۵/۱/۵ هم موجود هستند که اندکی تفاوت در توابع و دستورات دارند. جهت دانلود نسخه‌های مختلف نرم‌افزار گرومکس می‌توانید به سایت رسمی آن مراجعه کنید.

گرومکس را می‌توان بر روی گستره وسیعی از سیستم عامل‌ها و معماری‌های پردازنده نصب نمود. این طیف وسیع سیستم عامل شامل انواع توزیع‌های لینوکس، مک OS X و ویندوز می‌باشد. همچنین انواع معماری‌های پردازنده x86 ، AMD64/x86-64 ، PPC ، ARM v7 و SPARC VIII نیز قابلیت پشتیبانی سخت‌افزاری گرومکس را دارند.

آموزش‌های متعددی که مرتبط با این نرم‌افزار کاربردی هستند داخل وبلاگ من وجود دارد. از نصب سیستم عامل لینوکس اوبونتو بر روی کامپیوترهای شخصی تا نحوه نصب نسخه ۵/۱/۴ آن به صورت تفصیلی را بیان کرده‌ام. آموزشی نیز برایشبیه سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب توسط گرومکس تهیه کرده‌ام که در صورت تمایل می‌توانید به مطالعه آن بپردازید.

در این صفحه، برخی از مقالات ISI که در زمینه کار با نرم‌افزار GROMACS نگاشته شده‌اند را فهرست می‌کنم تا علاقمندان بتوانند با سرعت بیشتری به منابع دسترسی داشته باشند.

 

عنوان مقاله: Ion permeation simulations by Gromacsدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/cpe.1666ژورنال ناشر: Concurrency and Computation: Practice and Experienceحجم فایل: ۰/۴۰ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS: Fast, flexible, and freeدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.20291ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۳۴ مگابایت
عنوان مقاله: Flooding in GROMACS: Accelerated barrier crossings in molecular dynamicsدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.20473ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۳۵ مگابایت
عنوان مقاله: Speeding up parallel GROMACS on high-latency networksدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.20703ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۷۳ مگابایت
عنوان مقاله: Performance enhancements for GROMACS nonbonded interactions on BlueGeneدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.21766ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۸۰ مگابایت
عنوان مقاله: Optimization of parameters for molecular dynamics simulation using smooth particle-mesh Ewald in GROMACS 4.5دانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.21773ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۵۵ مگابایت
عنوان مقاله: On easy implementation of a variant of the replica exchange with solute tempering in GROMACSدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.21703ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۵۸ مگابایت
عنوان مقاله: Systematic benchmarking of large molecular dynamics simulations employing GROMACS on massive multiprocessing facilitiesدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.21645ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۵۵ مگابایت
عنوان مقاله: Enabling grand-canonical Monte Carlo: Extending the flexibility of GROMACS through the GromPy python interface moduleدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.22947ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۳۵ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementationدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1016/0010-4655(95)00042-eژورنال ناشر: Computer Physics Communicationsحجم فایل: ۰/۸۴ مگابایت
عنوان مقاله: Coarse-grained and all-atom MD simulations with Gromacs based on CELLmicrocosmos 2.2 model membranesدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1186/1758-2946-3-s1-p43ژورنال ناشر: Journal of Cheminformaticsحجم فایل: ۰/۱۶ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS 3.0: a package for molecular simulation and trajectory analysisدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1007/s008940100045ژورنال ناشر: Journal of Molecular Modelingحجم فایل: ۰/۱۱ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulationدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ct700301qژورنال ناشر: Journal of Chemical Theory and Computationحجم فایل: ۰/۳۸ مگابایت
عنوان مقاله: A Flexible, Grid-Enabled Web Portal for GROMACS Molecular Dynamics Simulationsدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ct300102dژورنال ناشر: Journal of Chemical Theory and Computationحجم فایل: ۳/۵۱ مگابایت
عنوان مقاله: Intensive Systems - Analysis of Gromacs MPI Using the Opportunistic Cloud Infrastructure UnaCloudدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1109/cisis.2012.142ژورنال ناشر: Institute of Electrical and Electronics Engineersحجم فایل: ۰/۲۶ مگابایت
عنوان مقاله: OBGMX: A web-based generator of GROMACS topologies for molecular and periodic systems using the universal force fieldدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/jcc.23049ژورنال ناشر: Journal of Computational Chemistryحجم فایل: ۰/۶۳ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS—the road aheadدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1002/wcms.50ژورنال ناشر: Computational Molecular Scienceحجم فایل: ۰/۱۲ مگابایت
عنوان مقاله: Analysis of Protein Stability Effects from Correction Maps, Virtual Interaction Sites, and Water Modelsدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ct900549rژورنال ناشر: Journal of Chemical Theory and Computationحجم فایل: ۰/۲۰ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS molecule & liquid databaseدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1093/bioinformatics/bts020ژورنال ناشر: Bioinformaticsحجم فایل: ۰/۱۶ مگابایت
عنوان مقاله: A Java Application for Advanced Molecular Dynamics Simulations with Remote Access Capabilityدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ci900248fژورنال ناشر: Journal of Chemical Information and Modelingحجم فایل: ۰/۲۲ مگابایت
عنوان مقاله: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACSدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ct100666vژورنال ناشر: Journal of Chemical Theory and Computationحجم فایل: ۴/۸۸ مگابایت
عنوان مقاله: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with Gromacsدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1016/j.bpj.2011.11.927ژورنال ناشر: Biophysical Journalحجم فایل: ۰/۱۰ مگابایت
عنوان مقاله: GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkitدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1093/bioinformatics/btt055ژورنال ناشر: Bioinformaticsحجم فایل: ۰/۷۹ مگابایت
عنوان مقاله: Free energy calculations for atomic solids through the Einstein crystal/molecule methodology using GROMACS and LAMMPSدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1063/1.4758700ژورنال ناشر: The Journal of Chemical Physicsحجم فایل: ۰/۳۳ مگابایت
عنوان مقاله: Molecular Dynamics Simulation by GROMACS Using GUI Plugin for PyMOLدانلود مقاله
شناسه مقاله: 10.1021/ci400071xژورنال ناشر: Journal of Chemical Information and Modelingحجم فایل: ۰/۶۸ مگابایت